A ESEI ten un equipo directivo que a xestiona, formado por un director ou directora, varios subdirectores/as e un/unha secretario/a, con diferentes responsabilidades asignadas.

O principal órgano de goberno da ESEI é a Xunta de Centro, na que está representado o profesorado (60%), alumnado (30%) e persoal de administración e servizos (10%). Ademáis, existen varias comisións delegadas da Xunta de Escola:

- Comisión Permanente

- Comisión de Calidade

- Comisión de Adaptacións e Recoñecemento de Créditos

- Comisión de Avaliación por Compensación

- Comisión Académica do Máster MEI