Las Escuelas y Facultades encargan la docencia de sus asignaturas a los diferentes Departamentos de la Universidad, en los que se agrupa el profesorado.

Los departamentos que tienen docencia asignada en las titulaciones de la ESEI son:

- Departamento de Derecho Privado

- Departamento de Estadística e Investigación Operativa

- Departamento de Informática

- Departamento de Ingeniería de Sistemas y Automática

- Departamento de Matemáticas

- Departamento de Matemática Aplicada II

- Departamento de Organización de Empresas y Mercadotecnia

- Departamento de Tecnología Electrónica